Amiga mía, me encanta tu idea, yo ya hice algo en tiempo para una amigo, pero quizás resulte algo complicado, porque primero sería interesante saber si solo piensas aprovechar los huecos para encajar diferentes escenas en dioramas o prefieres crear un todo utilizando las formas que te permite el mueble. 
 
Yo personalmente, pensaría en cubrir la madera, quedándome tan solo con los huecos a utilizar, es decir, hacer especie de camino o gruta de varias cavidades, donde en cada una se pudiera visionar una escena diferente. 
 
Empezando por arriba, una entrada en la gruta de María y José solos en la burra, luego la aparición a los pastores, la parte más grande y más central del mueble la utilizaría para la escena del nacimiento, con la adoración de los pastores y Reyes y en otro hueco la huida a egipto. 
 
Si trabajas las perspectivas y fondos, aunque sean pintados, creo que te darían un resultado impresionante. 
 
Y si con porex duro, dando forma de roca, cubrieras todo lo cubrible del mueble, sería una escena global maravillosa, es más si dispusiera de un secuenciador, podrías iluminar cada escena por separado o toda junta, según desees. 
 
En alguno de los huecos donde no sepas que meter, pues utilízalos como granero, para guardar los animales o de gallinero, e incluso en alguno podrías poner una fuente artificial donde alguien estuviera cogiendo agua o abrebando a los animales. 
 
En fín que me enrrollo, se me escapan las ideas, pero espero que si no te doy luz en la idea, al menos una pequeña chispita, si es que me he explicado bien. 
 
Un saludo amiga.