Antes de poder darte alguna solución, habría que saber un poco mas de cómo hiciste el cauce del río, no obstante, lo mas apropiado, es hacer todo el cauce con plástico resistente, y doblarlo, ósea ponerlo doble, calcula mas medida que la que tenga tu cauce debido a las curvas, del río, aquí usaras algo mas del plástico haciendo los pliegues para modelar tal curva, ten siempre cuidado con los pliegues en el plástico, pueden hacer subir el agua con la consecuencia de una fuga, esto lo puedes evitar pegando estos dobleces, con silicona, oh alguna cinta resistente al contacto del agua, y que sea lo suficientemente fuerte para sujetar el pliegue del plástico, mi río tiene cauce de plástico, la bomba de agua la tengo justo debajo de donde desemboca el río, no es mas que hacer un hueco en el tablero de base del nacimiento, y hacer pasar por ese hueco el plástico del cauce del río, coincidiendo este con el deposito de agua, y ocultándolo bajo el terreno del nacimiento. Según las medidas de tu belén necesitaras una bomba oh otra, para que esta lleve el agua hasta la desembocadura del río, mi bomba es, el modelo VIP 80/6
Bomba eléctrica sumergible para drenar aguas limpias, con cable de alimentación y flotador para funcionamiento automático
Flujo máx. 4800 l/h
Carga hidrostática 6 MT
No recuerdo muy bien el precio, pero ronda entre los 60 a 80 euros. Espero que te sirva. Y suerte con el desagüe de tu río. Atte geko.