Por lo que cuentas es de suponer que el agua es estancada y la solución, como bien te han apuntado, es la de intentar sustituirla, si el caudal no es excesivo, con un poco de paciencia, y con una jeringuilla, puedes hacerlo aunque eso sí, cuando lo hayas hecho, deberías añadirle un chorrito de lejía -¡ojo que lo haga un mayor!- para que el agua no se descomponga tan rápido y, en lo sucesivo, si continúas haciendo los ríos o lagos inertes, mejor utiliza agua artificial o gel de baño, te evitará problemas pero sigue así, probando cosas y rectificándolas cuando sea necesario, porque así se hace belenismo y es todo un lujo poder contar con un compañero tan joven y perfeccionista.
Qué tengas suerte.