Jesús, te explico... es muy sencillo.
Coloca en la parte alta del belén un flash (Puedes comprarlo en una tienda de electrónica, o que te lo prepare algún amigo electricista). Para hacer aparecer el rayo en el horizonte, debes colocar cielo oscuro y que sea compacto. Recorta con un cútex la silueta del rayo, pero intentando que el público no la note si no está activado la luz de fondo. Coloca detrás del rayo una caja que ocupe toda la distancia del rayo y pon detrás otro flash. El juego del flash exterior y el del interior del celaje (que hará de rayo) te dará el juego que necesitas.... pero si no quieres tanto lío, otra solución es una bombilla negra... mira,,,, el cielo debe ser oscuro, con una pintura especial de fluorescencia del mismo color que el cielo (puede ser un rotulador permanente, pregunta en la tienda de pinturas... la utilizan en las discos) pinta el rayo en el cielo. camufla la luz negra en un lugar que irradie la luz hacia el rayo, pero a ningún otro sitio... porque cuando se encienda hace resalta el blanco muchísimo, escóndela detrás de una montaña. Conéctala a un cebador y al temporizador que utilices. Cuando la bombilla se conecte intermitentemente, hará aparecer el rayo. Eso sí, acompañálo de umn buen sonido de fondo, rayos... truenos... viento... lluvia. Y además, los sonidos son muy fáciles de conseguir en internet y con un mezclador waw puedes hacer la combinación que quieras.
Saludos y ya me contarás si te ha servido de algo.