Pues puedes hacer el hueco entrar la figura ponerle algo para que no se llene la figura y despuesle haces el empedrado. Un saludo

Sería el mismo procedimiento que se explica aquí:
http://foro.belenismo.net/forums/thread-view.asp?tid=4658

Si el suelo es empedrado, la plastilina se puede tallar con el mismo dibujo que el suelo y pintar de igual manera que este, si se hace bien el resultado es fenomenal.

pero la plastilina tiene un problema y es q si vas a guardar el diorama procura q no hayan ratones pues es una golosina para ellos.
Siempre los suelos empedrados tienen irregularidades como huecos y piedras sueltas si es una calle aprovecha para esconder las peanas en la arena o gravilla, si es una casa una buena alfombra y peana tapada, en el caso d un establo pues paja… también pues quitar la peana pero ya es un remedio más drástico. Hombre para q no digan q soy un tramposo, jejejeje, también puedes tallar las piedras de “corcho duro”, en lonchas muy finitas y dándoles en donde corresponda la forma de los pies para q no sobresalgan mucho. Creo q cualquiera d estas soluciones t es valida, escoge la q más t resulte y vaya mejor a la obra.
Espero q t valgan, saludos Thanis